Este último decenio acentúa el descenso de jerarquía del Colón. Los cambios en el sistema de conducción, que incluye (a comienzos de 1998) un frustrado consejo asesor, vuelven a sacudir el itinerario del teatro con riesgosas turbulencias. Durante toda la década los problemas envuelven a los cuerpos artísticos y técnicos de la casa y la voz del público empieza a hacerse escuchar con mayor fuerza. El teatro se debate entre la fortaleza de algunos directivos, deseosos de volver por los carriles tradicionales pese a presupuestos insuficientes y los reiterados conflictos y aspiraciones gremiales que no encuentran solución en el curso de toda la década. Un descenso marcado en la recaudación y la caída de los abonos, por falta de confianza del público, son síntomas imposibles de disimular.

Hay con todo en estos diez últimos años algunos buenos espectáculos de ópera, ballet y conciertos sinfónicos, estrenos demoradísimos y presencia de ciertos directores de orquesta, cantantes y régisseurs que ilusionan, aunque pasajeramente, sobre el retorno a mejores tiempos. Hay que registrar con todo que se han escuchado en esa sala conciertos de extraordinario nivel motivados por el hecho de que la sala del Colón se alquila a entidades privadas de la envergadura del Mozarteum Argentino, cuyos invitados, en gran parte algunas de las más grandes orquestas y conjuntos de cámara del mundo, han encontrado en el Colón un marco acústico y arquitectónico de primera magnitud. Durante años aportó asimismo su jerarquía la desaparecida Asociación Wagneriana, mientras se suman los conciertos de Festivales Musicales de Buenos Aires, así como alguna que otra entidad de formación más reciente.

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En lo que se refiere estrictamente al repertorio lírico, 1998 inicia la década con la presentación de dos obras de Mussorgsky, Boris Godunov y Kovanchina, a cargo del Teatro Kirov de San Petersburgo. Se ofrece además un buen nivel de repertorio alemán (Wagner y Strauss) y un deslumbrante encuentro de celebridades con la representación de Fedora de Giordano, que reunió a Mirella Freni, por vez primera en el Colón, Plácido Domingo y Sherrill Milnes. En 1999 Federica von Stade y la regie de Jorge Lavelli nos dejan una versión inolvidable de Pelléas et Mélisande. Hay retorno de Freni, presencia de Samuel Ramey, como protagonista de Mefistofele de Boito, actuación como régisseur de Gian Carlo Menotti para su ópera El cónsul. En 2001 la versión de Lady Macbeth de Mtsensk de Schostakovic es presentada espectacularmente por Sergio Renán, por entonces Director General Artístico del teatro, con Mistislav Rostropovich como director. Triunfo de Samuel Ramey en La carrera de un libertino de Stravinsky, con el aporte del régisseur argentino Alfredo Arias. Neil Shicoff deja otro gran recuerdo en Los cuentos de Hoffmann de Offenbach.

La Fundación Teatro Colón, al cumplir un cuarto de siglo en 2003, prosigue con la organización de sus cursos sobre ópera, auspicia el Festival Martha Argerich, colabora de manera firme con el apoyo a alumnos del Instituto Superior de Arte y participa económicamente en arreglos de infraestructura de la casa.

En 2005 y pese a los reiterados conflictos gremiales, se representan títulos nuevos, como Der König Kandaules de Zemlinsky y el muy deseado estreno de Capriccio de Richard Strauss. En 2006 dos músicos del teatro, Osvaldo Barrios y Edmundo Piccioni, lanzan un lujoso trabajo editorial titulado Teatro Colón. Historia y anécdotas. En dicha temporada, con Marcelo Lombardero como Director de ópera, se registran algunos espectáculos de gran nivel como la reposición de A Midsummer Night’s Dream de Benjamín Britten o el estreno (demoradísimo para Buenos Aires) de Jonny spielt auf de Ernst Krenek, del cual ofrece Lombardero, en su calidad de régisseur, una versión admirable.

En ese mismo año se pone en funcionamiento el llamado Master Plan para una refacción integral del edificio, con vistas a llegar al Centenario del Colón, en 2008, con el edificio modernizado y resplandeciente. Luego la realidad sería bien otra…

Mientras tanto, en 2007, y dada ya la imposibilidad de continuar actuando en la sala, el Colón ofrece sus conciertos sinfónicos de la Orquesta Filarmónica de Buenos Aires en el Teatro Gran Rex y otras salas, y una reducida temporada lírica en el Teatro Coliseo. Los cuerpos del teatro (artísticos y técnicos), toneladas de escenografía y vestuario, con un total de 230 personas, viajan a México D.F, donde ofrecen en el mes de agosto cuatro funciones de Turandot de Puccini, con dirección orquestal de Stephan Lano y según la puesta presentada el año anterior en el Luna Park de Buenos Aires por Roberto Oswald, con dirección orquestal de Carlos Vieu.

El centenario encuentra al Colón ante el interrogante de su próxima reapertura. La ciudad de Buenos Aires, el país entero, el mundo operístico, esperan el retorno de nuestro gran teatro a la vida artística mundial. Con Horacio Sanguinetti en la difícil y complejísima responsabilidad de manejar el timón, esta historia, dramática como la más dramática de las óperas que han tomado vida en su escenario, queda como una herida abierta. Pero las heridas también se curan. Es nuestra ilusión.